Khởi nguồn từ Gioan Baotixita, anh em họ với Giê-su, theo quan điểm Cơ Đốc giáo, phép Thanh Tẩy là thánh lễ mấu chốt để người thụ lễ bày tỏ ước muốn trở nên xứng hiệp để tham dự vào đời sống giáo hội. Những người tin Gioan Baotixita là nhà tiên tri nối kết phép rửa với thông điệp của ông về sự hối cải và chuẩn bị cho sự xuất hiện của Đấng Messiah. "Gioan đi khắp các vùng gần kề sông Jordan, rao giảng về phép rửa của sự hối cải để được tha thứ tội lỗi, như lời đã chép trong sách của Isaiah nhà tiên tri: 'Có tiếng kêu trong hoang mạc, Hãy dọn đường cho Chúa, ban bằng các lối đi cho Ngài. Mọi thung lũng sẽ được lấp đầy. Mọi núi và đồi sẽ bị hạ thấp. Đường quanh co sẽ được làm thẳng. Đường gập ghềnh sẽ được san bằng. Và toàn thể nhân loại sẽ nhìn thấy sự cứu rỗi của Thiên Chúa'." (Luca 3.3-6)

Gioan rao giảng rằng sự hối cải là cần thiết và đến trước sự tha thứ. Cần phải trở lại với Thiên Chúa, ngụ ý rằng vết nhơ của tội lỗi có thể tẩy xoá được, bằng cách từ bỏ mọi hành vi bất khiết và trở về để bước đi trong đường của Chúa. Đó là những gì mà lễ Thanh Tẩy biểu trưng cho. Theo Tân Ước, Gioan dạy rằng, phép rửa mà ông đang cử hành là chưa trọn vẹn, rằng sự hối cải mà không phân ly hoàn toàn khỏi tội lỗi là không xứng hiệp với một phép thanh tẩy lớn hơn mà chính ông cũng không đủ thẩm quyền cử hành. Theo Phúc âm Luca, Gioan nói: "Tôi làm phép Thanh Tẩy cho anh em bằng nước, nhưng có một Đấng quyền bính hơn tôi sẽ đến, tôi không xứng đáng mở dây giày cho Ngài. Ngài sẽ làm phép Thanh Tẩy cho anh em bằng Chúa Thánh Linh và bằng lửa. Ngài sẽ dùng nia mà giê thật sạch sân lúa mình, rồi thu lúa mì vào kho, nhưng đốt trấu trong lửa không hề tắt." (Luca 3.16-17)

Theo Phúc âm Gioan, sau khi cử hành Thanh Tẩy cho Giê-xu, Gioan chứng thuật rằng: "Tôi đã thấy Thánh Linh như chim bồ câu từ trời xuống đậu trên Ngài. Tôi không biết Ngài, nhưng Đấng sai tôi làm phép rửa bằng nước bảo tôi rằng: Đấng mà ngươi sẽ thấy Thánh Linh ngự xuống và đậu lên trên là Đấng sẽ làm phép rửa bằng Chúa Thánh Linh. Tôi đã thấy, nên chứng thuật rằng: Ngài là Con Thiên Chúa.". Khi thấy Chúa Giê-xu đến cùng ông, Gioan nói với mọi người xung quanh: "Kìa, Chiên con của Thiên Chúa, là Đấng cất bỏ tội lỗi của thế gian." (John 1:29). Từ đây, cử hành phép Thanh Tẩy bằng nước được gắn kết với các môn đồ của Giê-xu, đấng đã rao giảng "Hãy hối cải, vì vương quốc của Thiên Chúa đã gần kề.". Vào những ngày cuối cùng khi sống trên đất, Giê-xu uỷ thác các sứ đồ đi ra làm phép rửa "nhân danh Chúa Cha, Chúa Con và Chúa Thánh Linh" trong nội dung của "Sứ mạng lớn" (Mat. 28.19), câu nói này trở nên công thức chung khi cử hành lễ thanh tẩy. Tuy nhiên, cũng cần lưu ý Tân Ước đã ký thuật rằng trong Sách Công vụ, các sứ đồ cũng làm phép rửa chỉ trong danh Chúa Giê-xu mà thôi (Công vụ: 2.38; 8.16; 10.48; 19.5).